Pada awal pendidikan berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi nomor: 362/DIKTI/Kep/1998 telah dibuka Program Studi Diploma Tiga (PSD3) Teknik Sipil dan dan disusul setahun kemudian dengan dikeluarkannya Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi nomor: 343/DIKTI/Kep/1999 dibuka 3 (tiga) program studi diploma lain: PSD3 Teknik Mesin, PSD3 Teknik Elektro, dan PSD3 Teknik Mineral. Selanjutnya melalui Keputusan Rektor Universitas Cenderawasih nomor: 0711.1/J20/1999 dibentuk suatu wadah “Program Diploma Teknologi” yang bertugas membina dan mengelola keempat program diploma tersebut dan dipimpin oleh seorang Koordinator yang bertanggungjawab langsung kepada Rektor. Pembukaan keempat program pendidikan diploma (professional) memperoleh dukungan Pemerintah Daerah Irian Jaya (Rekomendasi Gubernur Irian Jaya) dan masyarakat Papua (Rekomendasi Ketua DPRD Tk I Irian Jaya). Demikian pula dukungan dan kerjasama nyata dari instansi teknis terkait, seperti MoU UNCEN dengan: Kanwil Depnaker/BLKI, Kanwil Dep. PU, Kanwil Depertamben, Kanwil Depdikbud/SMK, Balai Diklat Penerbangan, Gapensi. Dalam upaya pembinaan, dalam waktu dekat akan dilaksanakan penandatangan MoU Kerjasama UNCEN dengan PT. PLN (Perseo) Wilayah X, AKLI, dan INKINDO. Jurusan Planologi /Planologi didirikan dengan SK 443/ET/T/2011 pada tanggal 13 Maret 2012, dan izin beroperasional dengan SK ijin operasional 542/E/O/2014 tanggal 17 Oktober 2014. Yang melatar belakangi pendirian jurusan ini adalah Tanah Papua memiliki luas yang sangat besar namun masih terjadi ketimpangan dalam pemerataan Pembangunan dan pertumbuhan ekonomi, sehingga diperlukan jurusan yang mampu mencakup kedua hal tersebut. Apalagi sejak 2008 daerah pemekaran di wilayah Papua, baik pemekaran provinsi maupun kabupaten sehingga dibutuhkan perencana-perencana yang memiliki kapasitas dan kapabilitas membangun Papua. Dengan dibentuknya Jurusan Planologi diharapkan menjawab kebutuhan perencana baik di Papua, Indonesia Timur, maupun Indonesia. Sejak berdirinya Jurusan Planologi , Jurusan baru melakukan Akreditasi tanggal 14 Mei 2019 dengan SK 1540/SK/Ban PT/Akred/S/V/2019 dengan hasil C dengan nilai 290.